Om in aanmerking te komen voor een certificaat werkt de aanvrager de eisen zoals benoemd in het Programma van Eisen uit in een eigen kwaliteitssysteem en legt de interne werkprocessen vast in een kwaliteitshandboek. Dit kwaliteitshandboek wordt vervolgens beoordeeld door de stichting. Bij een positief oordeel van de certificeerders en het bestuur van de stichting wordt het certificaat afgegeven. Het certificaat is het bewijs dat de aanvrager een werkwijze hanteert die voldoet aan het Programma van Eisen en dat de aanvrager de kwaliteit van de interne werkprocessen bij het uitvoeren van het natuurbeheer heeft geborgd.

Wanneer de aanvraag compleet is streeft de stichting ernaar de aanvraag van een certificaat binnen 8 weken afgehandeld te hebben. Voor aanvragen van reeds gecertificeerde beheerders, die worden ingediend naar aanleiding van de inwerkingtreding van het Programma van Eisen 2023, geldt een langere afhandelingstermijn.

Tot op heden heeft de stichting de volgende groepen natuurbeheerders gecertificeerd:

• 80 agrarische gebiedscoördinatoren (2011 tot 2014)
• 19 terreinbeherende organisaties (TBO’s) en grote beheerders (2012 tot 2014)
• 40 agrarische collectieven (in 2015)
• Circa 820 particuliere natuurbeheerders (vanaf 2012 tot op heden)
• 8 natuurcollectieven (vanaf 2017 tot op heden)